Uma vacina de subunidade utiliza apenas as partes específicas (as subunidades) de um vírus ou bactéria que o sistema imunológico precisa reconhecer. Ela não contém o micróbio inteiro nem utiliza um vírus seguro como vetor. Essas subunidades podem ser proteínas ou açúcares, ou uma combinação de ambos. As subunidades podem vir diretamente do germe ou ser produzidas de forma recombinante, por meio de engenharia genética. Como as vacinas de subunidade não utilizam vírus ou bactérias inteiros, elas podem ajudar o corpo a desenvolver proteção com segurança, sem causar doenças.
A maioria das vacinas do calendário infantil são vacinas de subunidades, que protegem as pessoas de doenças como coqueluche, tétano, difteria e meningite meningocócica.
Ao contrário das abordagens vacinais que utilizam um micróbio inteiro enfraquecido ou morto, ou partes dele, uma vacina de ácido nucleico utiliza apenas uma parte do material genético que fornece as instruções para proteínas específicas, e não o micróbio inteiro. DNA e RNA são as instruções que nossas células usam para produzir proteínas. Em nossas células, o DNA é primeiro transformado em RNA mensageiro, que é então usado como modelo para produzir proteínas específicas.